Η Ιωάννα Παπαθανασίου γεννήθηκε στην Αθήνα το Νοέμβριο του 1958. Το 1980 πήρε το πτυχίο του Τμήματος Πολιτικών Επιστημών της Παντείου και συνέχισε σπουδές πολιτικής κοινωνιολογίας και ιστορίας στο Παρίσι στα Πανεπιστήμια Paris I-Pantheon-Sorbonne και Paris X-Nanterre όπου και υποστήριξε το 1988 τη διδακτορική της διατριβή στην ιστορία του σύγχρονου κόσμου. Συνεργάτης του Centre d' Histoire et de Sociologie du Communisme στα χρόνια 1988-1994, στο πλαίσιο μεταδιδακτορικών σπουδών μελέτησε, στην περίοδο του ανοίγματός τους, τα "σοβιετικά αρχεία" για την Ελλάδα και τα Βαλκάνια. Διευθύντρια ερευνών στο Εθνικό Κέντρο Κοινωνικών Ερευνών (ΕΚΚΕ), στέλεχος των Αρχείων Σύγχρονης Κοινωνικής Ιστορίας (ΑΣΚΙ) από το 1994 έως το 2014, και διδάσκουσα στο Ελληνικό Ανοιχτό Πανεπιστήμιο (ΕΑΠ).